3 Interpréter un modèle logistique

On part du modèle de régression linéaire simple, une seule variable explicative \(X\) : \[ \operatorname{logit}(p(x)) =\log\left(\frac{p(x)}{1-p(x)}\right) =\beta_0+\beta_1x \]

D’une part, on peut obtenir des probabilités. En posant \(\eta(x)=\beta_0+\beta_1x\), on peut en tirer la probabilité d’avoir l’événement pour un individu \(X=x\) : \[ p(x)=\frac{\exp(\eta(x))}{1+\exp(\eta(x))} =\frac{\exp(\beta_0+\beta_1x)}{1+\exp(\beta_0+\beta_1x)} \]

Cette écriture garantit que \(0<p(x)<1\), quelle que soit la valeur de \(\beta_0+\beta_1x\) ! Mais si vous avez lu (et compris) la section précédente, vous devriez déjà le savoir :)

La probabilité d’avoir l’événement à partir de ce modèle,

  • pour les personnes \(X = 0\) (i.e., 0 pour une variable quantitative ou le groupe de référence pour la variable qualitative binaire), est de : \[ p(0) = \frac{\exp(\beta_0+\beta_1 \times 0)}{1+\exp(\beta_0+\beta_1\times 0)} = \frac{\exp(\beta_0)}{1+\exp(\beta_0)} \]

  • Si \(X\) est qualitative binaire, on peut calculer la probabilité d’avoir l’événement dans le groupe d’intérêt par : \[ p(1) = \frac{\exp(\beta_0+\beta_1)}{1+\exp(\beta_0+\beta_1)} \]

  • Si \(X\) est une variable quantitative, on peut calculer la probabilité d’avoir l’événement pour une valeur \(X = x\) en utilisant directement : \[ p(x) = \frac{\exp(\beta_0+\beta_1x)}{1+\exp(\beta_0+\beta_1x)} \]

D’autre part, on peut interpréter les coefficients de régression. Suivant la nature de \(X\), l’interprétation de \(\beta_1\) diffère légèrement.

3.1 Variable explicative binaire

Si \(X\) est binaire et codée 0/1 : \[ \operatorname{logit}(p(x))=\beta_0+\beta_1x. \]

Alors

  • \(\exp(\beta_0)\) est la cote de l’événement dans le groupe \(X=0\) ;
  • \(\exp(\beta_0+\beta_1)\) est la cote dans le groupe \(X=1\) ;
  • \(\beta_1\) est donc la différence de log-odds entre les deux groupes, telle que \(\exp(\beta_1)\) correspond à l’OR entre le groupe \(X=1\) par rapport au groupe \(X=0\).

3.2 Variable explicative quantitative

Si \(X\) est quantitative, \(\exp(\beta_1)\) est l’OR associé à une augmentation d’une unité de \(X\). En effet, comme \[ \operatorname{odds}(x) = \frac{p(x)}{1-p(x)}=\exp(\beta_0+\beta_1x), \] alors : \[ \frac{\operatorname{odds}(x+1)}{\operatorname{odds}(x)} =\frac{\exp(\beta_0+\beta_1(x+1))}{\exp(\beta_0+\beta_1x)} =\exp(\beta_1) \]

Plus généralement, pour une augmentation de \(a\) unités : \[ OR(a)=\exp(a\beta_1) \]

NoteExemple

Si l’âge est exprimé en années, \(\exp(\beta_1)\) est l’OR associé à une année supplémentaire. Si l’on veut présenter l’association pour 10 ans, on peut soit calculer \(\exp(10\beta_1)\), soit créer une variable age10 = AGE/10 et ajuster le modèle avec cette variable. On a alors :

Tableau 1: Modèle logistique simple associant faible poids de naissance et âge maternel, exprimé par tranche de 10 ans.
Terme \(\beta\) Erreur standard z p-valeur OR IC 95 % OR
Intercept 0,385 0,732 0,53 0,599 1,47 [0,35 ; 6,17]
Âge maternel (+10 ans) -0,512 0,315 -1,62 0,105 0,60 [0,32 ; 1,11]

L’OR par X années (p. ex., 10 ans) est souvent plus lisible que l’OR par 1 an si l’effet annuel est très proche de 1.

Note

Comme nous aimons les graphiques, montrons brièvement l’effet de l’OR sur la probabilité prédite, quand on étudie l’association entre une variable continue et un événement binaire. En Figure 1, on montre les probabilités prédites par trois modèles logistiques simples avec une variable \(X\) continue. Dans chaque cas, la probabilité prédite vaut 25 % pour \(X=0\). On change seulement \(\beta_1\), donc l’OR \(\exp(\beta_1)\) associé à une augmentation d’une unité de \(X\).

Figure 1: Probabilités prédites par trois modèles logistiques simples avec une variable \(X\) continue. Dans les trois cas, la probabilité prédite pour \(X=0\) est fixée à 25 %. L’OR indiqué est l’OR associé à une augmentation d’une unité de \(X\). Les points marquent les probabilités prédites pour \(X=0\) et \(X=1\).

Quand \(OR > 1\), la probabilité d’événement augmente avec \(X\) ; quand \(OR < 1\), la probabilité d’événement diminue avec \(X\) ; et quand \(OR = 1\), la probabilité d’événement ne change pas avec \(X\).

3.3 Interpréter l’intercept

Dans une régression logistique, l’intercept \(\beta_0\) est le log-odds de l’événement lorsque toutes les variables explicatives valent 0.

La probabilité correspondante est : \[ p_0=\frac{\exp(\beta_0)}{1+\exp(\beta_0)} \]

Comme en régression linéaire, l’intercept est souvent peu intéressant si la situation \(X_1=\cdots=X_p=0\) n’a pas de sens clinique. Centrer les variables quantitatives peut rendre l’intercept plus interprétable. Récapitulons le tout à l’aide d’un exemple :

NoteExemple

Précédemment, on souhaitait étudier l’association entre le faible poids de naissance et le statut tabagique de la mère dans l’étude “poids de naissance”.

Tableau 2: Tableau de contingence entre tabagisme maternel et faible poids de naissance.
Tabagisme maternel Faible poids Poids normal Total
Fumeuse 30 44 74
Non-fumeuse 29 86 115
Total 59 130 189

On avait calculé un OR brut, qui valait 2,02. Voyons alors comment un modèle de régression logistique se comporte ! Le modèle s’écrit : \[ \log\left(\frac{p}{1-p}\right)=\beta_0+\beta_1\operatorname{SMOKE}, \] où \(\operatorname{SMOKE}=1\) pour les mères fumeuses et \(\operatorname{SMOKE}=0\) pour les mères non-fumeuses. Pour \(\operatorname{SMOKE}=0\), le logit vaut \(\beta_0\). Pour \(\operatorname{SMOKE}=1\), il vaut \(\beta_0+\beta_1\). La différence de logits est donc \(\beta_1\), et l’odds ratio associé au tabagisme est : \(\exp(\widehat\beta_1)\).

Tableau 3: Modèle logistique simple associant faible poids de naissance et tabagisme maternel.
Terme \(\beta\) Erreur standard z p-valeur OR IC 95 % OR
Intercept -1,087 0,215 -5,06 < 0,001 0,34 [0,22 ; 0,51]
Tabagisme maternel (oui vs non) 0,704 0,320 2,20 0,028 2,02 [1,08 ; 3,78]

Comme \(OR_{\text{SMOKE}} = \exp(0,704)\approx 2,02\), on retrouve bien l’OR brut calculé précédemment !

En plus, on peut calculer la probabilité d’avoir un enfant de faible poids de naissance chez les mères non-fumeuses : \[ p(0) = \frac{\exp(-1,087)}{1+\exp(-1,087)} \approx 0,25 \] ainsi que chez les mères fumeuses : \[ p(1) = \frac{\exp(-1,087 + 0,704)}{1+\exp(-1,087 + 0,704)} \approx 0,41 \]

Important

Quand on étudie l’association entre une variable binaire et un événement, la régression logistique simple estime le même OR que l’OR brut présenté précédemment !

Pour un public non statisticien (et même pour nous), il est souvent utile de compléter les OR par des probabilités prédites dans quelques profils cliniquement pertinents.

3.4 Régression logistique multiple

Il s’agit de la même chose qu’avant, mais avec plusieurs variables explicatives …

Le modèle de régression logistique s’écrit : \[ \operatorname{logit}(p(x_1,\ldots,x_p)) =\beta_0+\beta_1x_1+\cdots+\beta_px_p, \] et la probabilité correspondante est : \[ p(x_1,\ldots,x_p)=\frac{\exp(\beta_0+\beta_1x_1+\cdots+\beta_px_p)}{1+\exp(\beta_0+\beta_1x_1+\cdots+\beta_px_p)} \]

Dans un modèle multiple, \(\exp(\beta_j)\) est un odds ratio ajusté sur les autres variables du modèle. Pour une variable quantitative, il compare deux profils différant d’une unité sur \(X_j\) ; pour une variable qualitative, il compare la modalité concernée à la modalité de référence ; à chaque fois toutes choses égales par ailleurs.

NoteExemple

On souhaite modéliser le faible poids de naissance en fonction du tabagisme, de l’âge maternel, du poids maternel avant grossesse, de l’hypertension et de l’origine maternelle déclarée. Pour l’âge, on a choisi de le diviser par 10 pour que l’OR corresponde à une augmentation de 10 ans. Le modèle s’écrit : \[ \begin{aligned} \operatorname{logit}(p) = \beta_0 &+\beta_1\operatorname{SMOKE} +\beta_2\operatorname{AGE10} +\beta_3\operatorname{LWT10} +\beta_4\operatorname{HT}\\ &+\beta_5\mathbb 1(\operatorname{Origine}=\text{Afro-américaine}) +\beta_6\mathbb 1(\operatorname{Origine}=\text{Autre}) \end{aligned} \]

On obtient alors les résultats suivants :

Tableau 4: Résultats du modèle logistique ajusté précédent.
Terme \(\beta\) Erreur standard z p-valeur OR IC 95 % OR
Intercept 0,777 1,160 0,67 0,503 2,18 [0,22 ; 21,15]
Tabagisme maternel (oui vs non) 1,065 0,389 2,74 0,006 2,90 [1,35 ; 6,22]
Âge maternel (+10 ans) -0,212 0,350 -0,61 0,545 0,81 [0,41 ; 1,61]
Poids maternel pré-grossesse (+10 lbs) -0,173 0,069 -2,52 0,012 0,84 [0,74 ; 0,96]
Hypertension (oui vs non) 1,733 0,688 2,52 0,012 5,66 [1,47 ; 21,79]
Origine maternelle (réf. Caucasienne) 0,020
 Afro-américaine 1,239 0,526 2,35 0,019 3,45 [1,23 ; 9,68]
 Autre 0,919 0,427 2,15 0,031 2,51 [1,09 ; 5,79]

La p-valeur \(0,020\) portée sur la ligne “origine maternelle” est celle d’un test global du rapport de vraisemblance à deux degrés de liberté. Les p-valeurs des deux modalités sont, elles, des tests de Wald coefficient par coefficient.

Toutes choses égales par ailleurs, la cote de faible poids de naissance est estimée 2,90 fois plus élevée chez les enfants de mères fumeuses que chez ceux de mères non-fumeuses (OR = 2,90 ; IC 95 % [1,35 ; 6,22] ; \(p=0,006\)).

Quand on a un IC large - comme pour l’hypertension - c’est souvent le signe que l’on dispose de peu d’événements dans certaines catégories. Les estimations deviennent alors “instables”, avec de grandes erreurs standards et/ou des OR très éloignés de 1.

Avertissement

Tout comme avec un OR brut, l’OR ajusté n’est pas un risque relatif ajusté. Ainsi (pour une variable catégorielle binaire \(X\)), si \(OR = 2\), on ne peut pas conclure que le risque d’événement est deux fois plus grand pour \(X = 1\) que pour \(X = 0\).